مقایسه روشهای تجزیه مؤلفههای اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مؤلفههای اصلی (DAPC) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخالتکه، عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی
ابداع روشهای تعیین ژنوتیپ با توان بالا و مقرون به صرفه طی سالیان اخیر، امکان ارزیابی ساختار ژنتیکی و ارتباط میان جمعیتهای یک گونه را با استفاده از اطلاعات ژنومی فراهم ساخته است. بررسی ساختار جمعیتی بر اساس نشانگرهای گسترده در سطح ژنوم، اطلاعات ارزشمندی در ارتباط با روابط تکاملی و دستهبندی زیرجمعی...
Guardado en:
| Autores principales: | , , , |
|---|---|
| Formato: | article |
| Lenguaje: | FA |
| Publicado: |
Ferdowsi University of Mashhad
2021
|
| Materias: | |
| Acceso en línea: | https://doaj.org/article/484fceb88b6a4d70b2fa129b9236153e |
| Etiquetas: |
Agregar Etiqueta
Sin Etiquetas, Sea el primero en etiquetar este registro!
|
| Sumario: | ابداع روشهای تعیین ژنوتیپ با توان بالا و مقرون به صرفه طی سالیان اخیر، امکان ارزیابی ساختار ژنتیکی و ارتباط میان جمعیتهای یک گونه را با استفاده از اطلاعات ژنومی فراهم ساخته است. بررسی ساختار جمعیتی بر اساس نشانگرهای گسترده در سطح ژنوم، اطلاعات ارزشمندی در ارتباط با روابط تکاملی و دستهبندی زیرجمعیتها فراهم میکند. هدف از این تحقیق مقایسه دو روش تجزیه مؤلفههای اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مؤلفههای اصلی (DAPC) در بررسی ساختار و روابط بین جمعیتی سه نژاد اسب موجود در منطقه خاورمیانه شامل آخالتکه، عرب و کاسپین بود. به این منظور از دادههای ژنومی بدست آمده از آرایههایIllumina 50K SNP Beadchip در 61 نمونه از این نژادها استفاده شد. این تحقیق با همکاری پروژه کنسرسیوم تنوع ژنتیکی اسب (EGDC) انجام شد و کدهای مورد نیاز برای آنالیز دادهها در نرمافزار R تهیه شدند. نتایج حاصل نشان داد که در هر دو روش 8/10 درصد واریانس توسط دو مؤلفه اول توجیه میشود و هر دو روش سه جمعیت را جدا از هم خوشهبندی کردند. معیار ارزیابی تعداد بهینه خوشهبندی برای روش DAPC، معیار اطلاعات بیزی (BIC) بود که تعداد K=3 بهترین نتیجه را با کمترین BIC نشان داد. روش DAPC نسبت به روش PCA با نتایج بهتری همراه بود .در تعیین شمار بهینة K بهتر از روش PCA عمل کرد و تصویر بهتری از ارتباط بین افراد ارائه داد. همچنین در انتساب افراد به گروههای خود هر دو روش صحت بسیار خوبی ارائه دادند. در مجموع نتایج این تحقیق نشان میدهد با وجود اینکه نتایج تحقیقات گذشته این سه جمعیت را که مربوط به منطقه خاورمیانه هستند در یک خوشه از درخت همسایگی قرار میدهند، ولی با توجه به نتایج این پژوهش و با استفاده از روشهای مورد استفاده در این تحقیق، سه نژاد به صورت مجزا گروهبندی میشوند و DAPC میتواند تصویر بهتری از روابط بین جمعیتی در نژادهای اسب ارائه دهد. |
|---|