مقایسه روش‌های تجزیه مؤلفه‌‌های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخال‌تکه، عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی

ابداع روشهای تعیین ژنوتیپ با توان بالا و مقرون به صرفه طی سالیان اخیر، امکان ارزیابی ساختار ژنتیکی و ارتباط میان جمعیتهای یک گونه را با استفاده از اطلاعات ژنومی فراهم ساخته است. بررسی ساختار جمعیتی بر اساس نشانگرهای گسترده در سطح ژنوم، اطلاعات ارزشمندی در ارتباط با روابط تکاملی و دستهبندی زیرجمعی...

Descripción completa

Guardado en:

Detalles Bibliográficos
Autores principales:	نسرین بابایی, عباس رافت, محمدحسین مرادی, محمد رضا فیضی درخشی
Formato:	article
Lenguaje:	FA
Publicado:	Ferdowsi University of Mashhad 2021
Materias:	روش‌های dapc و pca ساختار جمعیت نژادهای اسب خاورمیانه نشانگرهای snp Animal culture SF1-1100
Acceso en línea:	https://doaj.org/article/484fceb88b6a4d70b2fa129b9236153e
Etiquetas:	Agregar Etiqueta Sin Etiquetas, Sea el primero en etiquetar este registro!

id	oai:doaj.org-article:484fceb88b6a4d70b2fa129b9236153e
record_format	dspace
spelling	oai:doaj.org-article:484fceb88b6a4d70b2fa129b9236153e2021-11-20T05:31:55Zمقایسه روش‌های تجزیه مؤلفه‌‌های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخال‌تکه، عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی2008-31062423-400110.22067/ijasr.0621.39343https://doaj.org/article/484fceb88b6a4d70b2fa129b9236153e2021-10-01T00:00:00Zhttps://ijasr.um.ac.ir/article_39343_70ef21a926ac25345133e2b632e00b7c.pdfhttps://doaj.org/toc/2008-3106https://doaj.org/toc/2423-4001ابداع روشهای تعیین ژنوتیپ با توان بالا و مقرون به صرفه طی سالیان اخیر، امکان ارزیابی ساختار ژنتیکی و ارتباط میان جمعیتهای یک گونه را با استفاده از اطلاعات ژنومی فراهم ساخته است. بررسی ساختار جمعیتی بر اساس نشانگرهای گسترده در سطح ژنوم، اطلاعات ارزشمندی در ارتباط با روابط تکاملی و دستهبندی زیرجمعیتها فراهم میکند. هدف از این تحقیق مقایسه دو روش تجزیه مؤلفههای اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار و روابط بین جمعیتی سه نژاد اسب موجود در منطقه خاورمیانه شامل آخالتکه، عرب و کاسپین بود. به این منظور از دادههای ژنومی بدست آمده از آرایههایIllumina 50K SNP Beadchip در 61 نمونه از این نژادها استفاده شد. این تحقیق با همکاری پروژه کنسرسیوم تنوع ژنتیکی اسب (EGDC) انجام شد و کدهای مورد نیاز برای آنالیز دادهها در نرمافزار R تهیه شدند. نتایج حاصل نشان داد که در هر دو روش 8/10 درصد واریانس توسط دو مؤلفه اول توجیه میشود و هر دو روش سه جمعیت را جدا از هم خوشهبندی کردند. معیار ارزیابی تعداد بهینه خوشهبندی برای روش DAPC، معیار اطلاعات بیزی (BIC) بود که تعداد K=3 بهترین نتیجه را با کمترین BIC نشان داد. روش DAPC نسبت به روش PCA با نتایج بهتری همراه بود .در تعیین شمار بهینة K بهتر از روش PCA عمل کرد و تصویر بهتری از ارتباط بین افراد ارائه داد. همچنین در انتساب افراد به گروههای خود هر دو روش صحت بسیار خوبی ارائه دادند. در مجموع نتایج این تحقیق نشان میدهد با وجود اینکه نتایج تحقیقات گذشته این سه جمعیت را که مربوط به منطقه خاورمیانه هستند در یک خوشه از درخت همسایگی قرار میدهند، ولی با توجه به نتایج این پژوهش و با استفاده از روشهای مورد استفاده در این تحقیق، سه نژاد به صورت مجزا گروهبندی میشوند و DAPC میتواند تصویر بهتری از روابط بین جمعیتی در نژادهای اسب ارائه دهد.نسرین باباییعباس رافتمحمدحسین مرادیمحمد رضا فیضی درخشیFerdowsi University of Mashhadarticleروش‌های dapc و pcaساختار جمعیتنژادهای اسب خاورمیانهنشانگرهای snpAnimal cultureSF1-1100FAپژوهشهای علوم دامی ایران, Vol 13, Iss 3, Pp 453-462 (2021)
institution	DOAJ
collection	DOAJ
language	FA
topic	روش‌های dapc و pca ساختار جمعیت نژادهای اسب خاورمیانه نشانگرهای snp Animal culture SF1-1100
spellingShingle	روش‌های dapc و pca ساختار جمعیت نژادهای اسب خاورمیانه نشانگرهای snp Animal culture SF1-1100 نسرین بابایی عباس رافت محمدحسین مرادی محمد رضا فیضی درخشی مقایسه روش‌های تجزیه مؤلفه‌‌های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخال‌تکه، عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی
description	ابداع روشهای تعیین ژنوتیپ با توان بالا و مقرون به صرفه طی سالیان اخیر، امکان ارزیابی ساختار ژنتیکی و ارتباط میان جمعیتهای یک گونه را با استفاده از اطلاعات ژنومی فراهم ساخته است. بررسی ساختار جمعیتی بر اساس نشانگرهای گسترده در سطح ژنوم، اطلاعات ارزشمندی در ارتباط با روابط تکاملی و دستهبندی زیرجمعیتها فراهم میکند. هدف از این تحقیق مقایسه دو روش تجزیه مؤلفههای اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار و روابط بین جمعیتی سه نژاد اسب موجود در منطقه خاورمیانه شامل آخالتکه، عرب و کاسپین بود. به این منظور از دادههای ژنومی بدست آمده از آرایههایIllumina 50K SNP Beadchip در 61 نمونه از این نژادها استفاده شد. این تحقیق با همکاری پروژه کنسرسیوم تنوع ژنتیکی اسب (EGDC) انجام شد و کدهای مورد نیاز برای آنالیز دادهها در نرمافزار R تهیه شدند. نتایج حاصل نشان داد که در هر دو روش 8/10 درصد واریانس توسط دو مؤلفه اول توجیه میشود و هر دو روش سه جمعیت را جدا از هم خوشهبندی کردند. معیار ارزیابی تعداد بهینه خوشهبندی برای روش DAPC، معیار اطلاعات بیزی (BIC) بود که تعداد K=3 بهترین نتیجه را با کمترین BIC نشان داد. روش DAPC نسبت به روش PCA با نتایج بهتری همراه بود .در تعیین شمار بهینة K بهتر از روش PCA عمل کرد و تصویر بهتری از ارتباط بین افراد ارائه داد. همچنین در انتساب افراد به گروههای خود هر دو روش صحت بسیار خوبی ارائه دادند. در مجموع نتایج این تحقیق نشان میدهد با وجود اینکه نتایج تحقیقات گذشته این سه جمعیت را که مربوط به منطقه خاورمیانه هستند در یک خوشه از درخت همسایگی قرار میدهند، ولی با توجه به نتایج این پژوهش و با استفاده از روشهای مورد استفاده در این تحقیق، سه نژاد به صورت مجزا گروهبندی میشوند و DAPC میتواند تصویر بهتری از روابط بین جمعیتی در نژادهای اسب ارائه دهد.
format	article
author	نسرین بابایی عباس رافت محمدحسین مرادی محمد رضا فیضی درخشی
author_facet	نسرین بابایی عباس رافت محمدحسین مرادی محمد رضا فیضی درخشی
author_sort	نسرین بابایی
title	مقایسه روش‌های تجزیه مؤلفه‌‌های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخال‌تکه، عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی
title_short	مقایسه روش‌های تجزیه مؤلفه‌‌های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخال‌تکه، عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی
title_full	مقایسه روش‌های تجزیه مؤلفه‌‌های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخال‌تکه، عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی
title_fullStr	مقایسه روش‌های تجزیه مؤلفه‌‌های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخال‌تکه، عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی
title_full_unstemmed	مقایسه روش‌های تجزیه مؤلفه‌‌های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخال‌تکه، عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی
title_sort	مقایسه روش‌های تجزیه مؤلفه‌‌های اصلی (pca) و تجزیه تشخیصی مؤلفه‌های اصلی (dapc) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخال‌تکه، عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی
publisher	Ferdowsi University of Mashhad
publishDate	2021
url	https://doaj.org/article/484fceb88b6a4d70b2fa129b9236153e
work_keys_str_mv	AT nsrynbạbạyy mqạyshrwsẖhạytjzyhmwlfhhạyạṣlypcawtjzyhtsẖkẖyṣymwlfhhạyạṣlydapcdrbrrsysạkẖtạrjmʿytynzẖạdhạyạsbậkẖạltḵhʿrbwḵạspynbạạstfạdhạzạṭlạʿạtzẖnwmy AT ʿbạsrạft mqạyshrwsẖhạytjzyhmwlfhhạyạṣlypcawtjzyhtsẖkẖyṣymwlfhhạyạṣlydapcdrbrrsysạkẖtạrjmʿytynzẖạdhạyạsbậkẖạltḵhʿrbwḵạspynbạạstfạdhạzạṭlạʿạtzẖnwmy AT mḥmdḥsynmrạdy mqạyshrwsẖhạytjzyhmwlfhhạyạṣlypcawtjzyhtsẖkẖyṣymwlfhhạyạṣlydapcdrbrrsysạkẖtạrjmʿytynzẖạdhạyạsbậkẖạltḵhʿrbwḵạspynbạạstfạdhạzạṭlạʿạtzẖnwmy AT mḥmdrḍạfyḍydrkẖsẖy mqạyshrwsẖhạytjzyhmwlfhhạyạṣlypcawtjzyhtsẖkẖyṣymwlfhhạyạṣlydapcdrbrrsysạkẖtạrjmʿytynzẖạdhạyạsbậkẖạltḵhʿrbwḵạspynbạạstfạdhạzạṭlạʿạtzẖnwmy
_version_	1718419479355981824

مقایسه روش‌های تجزیه مؤلفه‌‌های اصلی (PCA) و تجزیه تشخیصی مؤلفه‌های اصلی (DAPC) در بررسی ساختار جمعیتی نژادهای اسب آخال‌تکه، عرب و کاسپین با استفاده از اطلاعات ژنومی

Ejemplares similares