Detección molecular y tipificación del virus dengue por RT-PCR y PCR anidada usando oligonucleótidos mejorados

Objetivo: Modificar los oligonucleótidos comúnmente utilizados para la detección y tipificación del virus dengue y evaluar su desempeño sobre ARNs provenientes de muestras clínicas. Materiales y métodos: A partir del alineamiento de secuencias disponibles en el GenBank para la región C-prM/M se dete...

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Autores principales:	José A. Usme-Ciro, Alba M. Gómez-Castañeda, Juan C. Gallego-Gómez
Formato:	article
Lenguaje:	EN ES
Publicado:	Universidad del Norte 2012
Materias:	rt pcr pcr anidada oligonucleótidos degenerados tipificación virus dengue detección molecular Medicine R Nursing RT1-120 Public aspects of medicine RA1-1270
Acceso en línea:	https://doaj.org/article/98f969c4435344f2801b731d677840c1
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description	Objetivo: Modificar los oligonucleótidos comúnmente utilizados para la detección y tipificación del virus dengue y evaluar su desempeño sobre ARNs provenientes de muestras clínicas. Materiales y métodos: A partir del alineamiento de secuencias disponibles en el GenBank para la región C-prM/M se determinó la variabilidad genética dentro de cada serotipo del virus dengue, lo cual permitió realizar modificaciones a los oligonucleótidos convencionalmente usados en la tipificación. Tales modificaciones incluyeron la adición y eliminación de nucleótidos en el extremo 3¿, teniendo en cuenta la posición del codón, así como la inclusión de sitios degenerados en posiciones altamente variables. Los oligonucleótidos se evaluaron a diferentes concentraciones sobre ARNs extraídos a partir de cultivos celulares infectados y posteriormente de sueros de pacientes con diagnóstico probable de dengue. Resultados: Los oligonucleótidos amplificaron específicamente cada serotipo del virus dengue, tanto desde sobrenadantes de cultivo como desde muestras clínicas en prueba piloto. Conclusiones: El rediseño de los oligonucleótidos consideró la variabilidad genética acumulada en más de 15 años, mostrándose experimentalmente su valor y utilidad en la detección y tipificación del virus dengue.
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