Метагеномный анализ для идентификации возбудителей нетипичных инфекций урогенитального тракта
Актуальность. В практике онкоурологов распространены случаи, когда развитие патологии ассоциировано с хроническим инфекционным процессом в анамнезе, при этом очень часто возбудитель инфекции не установлен. Исследования последних десятилетий показали, что классические методы микробиологии позволяют в...
Guardado en:
| Formato: | article |
|---|---|
| Lenguaje: | RU |
| Publicado: |
Sankt-Peterburg : NIIÈM imeni Pastera
2019
|
| Materias: | |
| Acceso en línea: | https://doaj.org/article/d9f820a69c674f5793367c1b4601a182 |
| Etiquetas: |
Agregar Etiqueta
Sin Etiquetas, Sea el primero en etiquetar este registro!
|
| Sumario: | Актуальность. В практике онкоурологов распространены случаи, когда развитие патологии ассоциировано с хроническим инфекционным процессом в анамнезе, при этом очень часто возбудитель инфекции не установлен. Исследования последних десятилетий показали, что классические методы микробиологии позволяют выявлять лишь незначительную, поддающеюся культивированию, часть микроорганизмов. Одним из современных подходов позволяющих выявить широкий спектр бактерий и архей является разновидность метагеномного анализа, выполняемая путем высокопроизводительного секвенирования библиотек фрагментов рибосомальных оперонов.Цель. Метагеномный анализ образцов из урогенитального тракта пациентов с хроническим воспалительным процессом для идентификации патогенов не выявляемых другими методами.Методы. В исследование были включены клинические случаи, характеризующиеся хроническим воспалением, образованием микрокист и кальцинатов, для которых применение стандартных диагностических подходов (культурального и ПЦР) не позволило выявить патогенных микроорганизмов, а также группа условно-здоровых индивидуумов без соответствующих жалоб в анамнезе. Таксономический анализ бактериального сообщества проводили путем высокопроизводительного секвенирования гипервариабельной области V3-V4 гена 16S рРНК на платформе Illumina HiSeq 3000. Идентификация последовательностей 16S проводилась с помощью баз данных RDP (SILVA), CosmosID Metagenomics (платформа Genbook), KEGG Pathogen, MicrobeNet (A CDC Virtual Reference Laboratory) и PATRIC 3.6.8 (Pathosystems Resource Integration Center). Линейный дискриминантный анализ бактериального сообщества между группой пациентов и группой условно-здоровых индивидуумов проводили на языке R.Результаты. Проведенное исследование позволило выявить таксономическое многообразие микроорганизмов в образцах из урогенитального тракта (выявлено от 197 до 794 различных микроорганизмов относящихся к домену Bacteria), а так же установить дифференциальные отличия, касающиеся представителей родов Megasphaera, Prevotella, Veillonella, Pedobacter, Mobiluncus, Phormidium, Sphingobacterium, Temperatibacter, Oxobacter, Georgenia, Actinobaculum, Varibaculum, Mycobacterium, Rhodococcus, Sediminihabitans, Actinobacter, Actinoplanes, Spirochaeta, Enhydrobacter, Thermacetogenium, Bdellovibrio, Oleibacter, Porphyrom, Klebsiella, Lachnoclostridium, Caulobacter, Xanthomonas, Novispirillum, Marvinbryantia, Afipia, Shinella, Tepidimonas, Faecalibacterium, Paludibacterium, Aerococcus, Campylobacter, Pasteurella, Rumen, Psychrobacter, Haemophilus, Brevibacillus, Sporosarcina, Yaniella и Lactobacillus между образцами от больных с хроническими воспалительными процессами и условно-здоровых индивидуумов.Заключение. Были обнаружены дифференциальные отличия в составе микробиома образцов от больных с хроническими воспалительными процессами и условно-здоровых индивидуумов, касающиеся представителей 44 родов, в том числе Megasphaera, Prevotella, Veillonella, Pedobacter, Mobiluncus, Phormidium и Lactobacillus. Наблюдаемые воспалительные процессы в урогенитальном тракте пациентов могут быть ассоциированы с дисбалансом микрофлоры - снижением типичных представителей родов Staphylococcus, Streptococcus и Lactobacillus, и увеличением численности представителей родов Klebsiella и Citrobacter. Дальнейшие исследования в этом направлении должны расширить представления о нормофлоре урогенитального тракта и её нарушении, а также расширить перечень вероятных патогенных микроорганизмов, возбудителей инфекций урогенитального тракта. |
|---|