Метагеномный анализ для идентификации возбудителей нетипичных инфекций урогенитального тракта

Актуальность. В практике онкоурологов распространены случаи, когда развитие патологии ассоциировано с хроническим инфекционным процессом в анамнезе, при этом очень часто возбудитель инфекции не установлен. Исследования последних десятилетий показали, что классические методы микробиологии позволяют в...

Descripción completa

Guardado en:

Detalles Bibliográficos
Formato:	article
Lenguaje:	RU
Publicado:	Sankt-Peterburg : NIIÈM imeni Pastera 2019
Materias:	урогенитальный тракт инфекции хроническое воспаление высокопроизводительное секвенирование 16s ррнк дискриминантный анализ. Infectious and parasitic diseases RC109-216
Acceso en línea:	https://doaj.org/article/d9f820a69c674f5793367c1b4601a182
Etiquetas:	Agregar Etiqueta Sin Etiquetas, Sea el primero en etiquetar este registro!

id	oai:doaj.org-article:d9f820a69c674f5793367c1b4601a182
record_format	dspace
institution	DOAJ
collection	DOAJ
language	RU
topic	урогенитальный тракт инфекции хроническое воспаление высокопроизводительное секвенирование 16s ррнк дискриминантный анализ. Infectious and parasitic diseases RC109-216
spellingShingle	урогенитальный тракт инфекции хроническое воспаление высокопроизводительное секвенирование 16s ррнк дискриминантный анализ. Infectious and parasitic diseases RC109-216 Метагеномный анализ для идентификации возбудителей нетипичных инфекций урогенитального тракта
description	Актуальность. В практике онкоурологов распространены случаи, когда развитие патологии ассоциировано с хроническим инфекционным процессом в анамнезе, при этом очень часто возбудитель инфекции не установлен. Исследования последних десятилетий показали, что классические методы микробиологии позволяют выявлять лишь незначительную, поддающеюся культивированию, часть микроорганизмов. Одним из современных подходов позволяющих выявить широкий спектр бактерий и архей является разновидность метагеномного анализа, выполняемая путем высокопроизводительного секвенирования библиотек фрагментов рибосомальных оперонов.Цель. Метагеномный анализ образцов из урогенитального тракта пациентов с хроническим воспалительным процессом для идентификации патогенов не выявляемых другими методами.Методы. В исследование были включены клинические случаи, характеризующиеся хроническим воспалением, образованием микрокист и кальцинатов, для которых применение стандартных диагностических подходов (культурального и ПЦР) не позволило выявить патогенных микроорганизмов, а также группа условно-здоровых индивидуумов без соответствующих жалоб в анамнезе. Таксономический анализ бактериального сообщества проводили путем высокопроизводительного секвенирования гипервариабельной области V3-V4 гена 16S рРНК на платформе Illumina HiSeq 3000. Идентификация последовательностей 16S проводилась с помощью баз данных RDP (SILVA), CosmosID Metagenomics (платформа Genbook), KEGG Pathogen, MicrobeNet (A CDC Virtual Reference Laboratory) и PATRIC 3.6.8 (Pathosystems Resource Integration Center). Линейный дискриминантный анализ бактериального сообщества между группой пациентов и группой условно-здоровых индивидуумов проводили на языке R.Результаты. Проведенное исследование позволило выявить таксономическое многообразие микроорганизмов в образцах из урогенитального тракта (выявлено от 197 до 794 различных микроорганизмов относящихся к домену Bacteria), а так же установить дифференциальные отличия, касающиеся представителей родов Megasphaera, Prevotella, Veillonella, Pedobacter, Mobiluncus, Phormidium, Sphingobacterium, Temperatibacter, Oxobacter, Georgenia, Actinobaculum, Varibaculum, Mycobacterium, Rhodococcus, Sediminihabitans, Actinobacter, Actinoplanes, Spirochaeta, Enhydrobacter, Thermacetogenium, Bdellovibrio, Oleibacter, Porphyrom, Klebsiella, Lachnoclostridium, Caulobacter, Xanthomonas, Novispirillum, Marvinbryantia, Afipia, Shinella, Tepidimonas, Faecalibacterium, Paludibacterium, Aerococcus, Campylobacter, Pasteurella, Rumen, Psychrobacter, Haemophilus, Brevibacillus, Sporosarcina, Yaniella и Lactobacillus между образцами от больных с хроническими воспалительными процессами и условно-здоровых индивидуумов.Заключение. Были обнаружены дифференциальные отличия в составе микробиома образцов от больных с хроническими воспалительными процессами и условно-здоровых индивидуумов, касающиеся представителей 44 родов, в том числе Megasphaera, Prevotella, Veillonella, Pedobacter, Mobiluncus, Phormidium и Lactobacillus. Наблюдаемые воспалительные процессы в урогенитальном тракте пациентов могут быть ассоциированы с дисбалансом микрофлоры - снижением типичных представителей родов Staphylococcus, Streptococcus и Lactobacillus, и увеличением численности представителей родов Klebsiella и Citrobacter. Дальнейшие исследования в этом направлении должны расширить представления о нормофлоре урогенитального тракта и её нарушении, а также расширить перечень вероятных патогенных микроорганизмов, возбудителей инфекций урогенитального тракта.
format	article
title	Метагеномный анализ для идентификации возбудителей нетипичных инфекций урогенитального тракта
title_short	Метагеномный анализ для идентификации возбудителей нетипичных инфекций урогенитального тракта
title_full	Метагеномный анализ для идентификации возбудителей нетипичных инфекций урогенитального тракта
title_fullStr	Метагеномный анализ для идентификации возбудителей нетипичных инфекций урогенитального тракта
title_full_unstemmed	Метагеномный анализ для идентификации возбудителей нетипичных инфекций урогенитального тракта
title_sort	метагеномный анализ для идентификации возбудителей нетипичных инфекций урогенитального тракта
publisher	Sankt-Peterburg : NIIÈM imeni Pastera
publishDate	2019
url	https://doaj.org/article/d9f820a69c674f5793367c1b4601a182
work_keys_str_mv	AT metagenomnyjanalizdlâidentifikaciivozbuditelejnetipičnyhinfekcijurogenitalʹnogotrakta
_version_	1718417885744857088
spelling	oai:doaj.org-article:d9f820a69c674f5793367c1b4601a1822021-11-22T07:09:56ZМетагеномный анализ для идентификации возбудителей нетипичных инфекций урогенитального тракта2220-76192313-7398https://doaj.org/article/d9f820a69c674f5793367c1b4601a1822019-06-01T00:00:00Zhttps://www.iimmun.ru/iimm/article/view/1713https://doaj.org/toc/2220-7619https://doaj.org/toc/2313-7398Актуальность. В практике онкоурологов распространены случаи, когда развитие патологии ассоциировано с хроническим инфекционным процессом в анамнезе, при этом очень часто возбудитель инфекции не установлен. Исследования последних десятилетий показали, что классические методы микробиологии позволяют выявлять лишь незначительную, поддающеюся культивированию, часть микроорганизмов. Одним из современных подходов позволяющих выявить широкий спектр бактерий и архей является разновидность метагеномного анализа, выполняемая путем высокопроизводительного секвенирования библиотек фрагментов рибосомальных оперонов.Цель. Метагеномный анализ образцов из урогенитального тракта пациентов с хроническим воспалительным процессом для идентификации патогенов не выявляемых другими методами.Методы. В исследование были включены клинические случаи, характеризующиеся хроническим воспалением, образованием микрокист и кальцинатов, для которых применение стандартных диагностических подходов (культурального и ПЦР) не позволило выявить патогенных микроорганизмов, а также группа условно-здоровых индивидуумов без соответствующих жалоб в анамнезе. Таксономический анализ бактериального сообщества проводили путем высокопроизводительного секвенирования гипервариабельной области V3-V4 гена 16S рРНК на платформе Illumina HiSeq 3000. Идентификация последовательностей 16S проводилась с помощью баз данных RDP (SILVA), CosmosID Metagenomics (платформа Genbook), KEGG Pathogen, MicrobeNet (A CDC Virtual Reference Laboratory) и PATRIC 3.6.8 (Pathosystems Resource Integration Center). Линейный дискриминантный анализ бактериального сообщества между группой пациентов и группой условно-здоровых индивидуумов проводили на языке R.Результаты. Проведенное исследование позволило выявить таксономическое многообразие микроорганизмов в образцах из урогенитального тракта (выявлено от 197 до 794 различных микроорганизмов относящихся к домену Bacteria), а так же установить дифференциальные отличия, касающиеся представителей родов Megasphaera, Prevotella, Veillonella, Pedobacter, Mobiluncus, Phormidium, Sphingobacterium, Temperatibacter, Oxobacter, Georgenia, Actinobaculum, Varibaculum, Mycobacterium, Rhodococcus, Sediminihabitans, Actinobacter, Actinoplanes, Spirochaeta, Enhydrobacter, Thermacetogenium, Bdellovibrio, Oleibacter, Porphyrom, Klebsiella, Lachnoclostridium, Caulobacter, Xanthomonas, Novispirillum, Marvinbryantia, Afipia, Shinella, Tepidimonas, Faecalibacterium, Paludibacterium, Aerococcus, Campylobacter, Pasteurella, Rumen, Psychrobacter, Haemophilus, Brevibacillus, Sporosarcina, Yaniella и Lactobacillus между образцами от больных с хроническими воспалительными процессами и условно-здоровых индивидуумов.Заключение. Были обнаружены дифференциальные отличия в составе микробиома образцов от больных с хроническими воспалительными процессами и условно-здоровых индивидуумов, касающиеся представителей 44 родов, в том числе Megasphaera, Prevotella, Veillonella, Pedobacter, Mobiluncus, Phormidium и Lactobacillus. Наблюдаемые воспалительные процессы в урогенитальном тракте пациентов могут быть ассоциированы с дисбалансом микрофлоры - снижением типичных представителей родов Staphylococcus, Streptococcus и Lactobacillus, и увеличением численности представителей родов Klebsiella и Citrobacter. Дальнейшие исследования в этом направлении должны расширить представления о нормофлоре урогенитального тракта и её нарушении, а также расширить перечень вероятных патогенных микроорганизмов, возбудителей инфекций урогенитального тракта.Sankt-Peterburg : NIIÈM imeni Pasteraarticleурогенитальный трактинфекциихроническое воспалениевысокопроизводительное секвенирование16s ррнкдискриминантный анализ.Infectious and parasitic diseasesRC109-216RUInfekciâ i Immunitet, Vol 0, Iss 0 (2019)

Метагеномный анализ для идентификации возбудителей нетипичных инфекций урогенитального тракта

Ejemplares similares